Диссертация - Идентификация видового состава и изучение сезонной динамики бактериопланктона малых эвтрофнык водокранилитц методами молекулярной генетики
Содержание
ОГЛАВЛЕНИЕ
Введение...4
Глава 1. Проблемы и методы определения видового состава
бактериопланктона: обзор литературы...7
1.1. Основные подходы к изучению водной микрофлоры...7
1.2. Развитие методов идентификации бактерий...10
1.3. Использование рРНК для создания молекулярной филогенетической систематики прокариот...13
1.4. Основные методы анализа последовательностей рРНК для изучения некультивируемых водных бактерий...18
1.4.1. Определение нуклеотидной последовательности рРНК...18
1.4.2. Гибридизация рРНК с олигонуклеотидными зондами...20
1.4.3. Различные варианты ПЦР для качественного и количественного анализа бактериальных сообществ...21
1.4.4. Методы мониторинга динамики структуры бактериального сообщества...22
1.4.5. Ограничения методов, использующих рРНК-подход...25
1.5. Применение методов молекулярно-генетического анализа для изучения бактериальных сообществ водных экосистем...28
Глава 2. Объекты и методы исследований...41
2.1. Характеристика района исследований...41
2.2. Материал и методика...45
2.2.1. Методика гидробиологических исследований пруда Бугач...45
2.2.2. Методика отбора и обработки проб воды для анализа видового состава бактериопланктона...46
2.2.3. Выделение геномной ДНК бактерий...48
2.2.4. Амплификация и клонирование генов 16S рРНК бактерий...49
3
2.2.5. Определение нуклеотидных последовательностей клонированных фрагментов гена 16S рРНК...52
2.2.6. Анализ сезонной динамики видового состава бактериопланктона методом денатурирующего градиентного гель-электрофореза...52
2.2.7. Схема постановки и проведения эксперимента по изучению субстратов некультивируемого бактериопланктона пруда
Бугач...55
2.2.8. Анализ нуклеотидных последовательностей гена 16S рРНК...56
2.2.9. Статистическая обработка результатов...56
Глава 3. Бактериопланктон пруда Бугач и его связь с гидробиологическими
и гидрохимическими показателями экосистемы...57
Глава 4. Определение видового состава зимнего бактериопланктона двух
эвтрофных прудов по последовательностям гена 16S рРНК...68
Резюме...77
Глава 5. Изучение сезонной динамики видового состава бактериопланктона прудов Бугач и Лесной методом денатурирующего градиентного
гель-электрофореза...79
Обсуждение...89
Резюме...92
Глава 6. Идентификация видового состава водных бактерий,
потребляющих полигидроксиалканоаты...93
Заключение...99
Выводы...101
Литература...102
